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Flash in sé non è il problema. Il problema è come si usa.

Il primo problema è che Flash è spesso usato per le home page. Il problema di queste pagine è che di solito sono completamente in Flash. E i motori di ricerca non vedono i contenuti Flash, quindi, la tua home page non sarà indicizzata. La miglior cosa che puoi fare, nel lavoro di indicizzazione, è quella di non registrare mai una pagina fatta interamente in Flash: eviterai la frustrazione. Puoi comunque aggiungere il più testo possibile, e cercare di ottimizzare il titolo e le meta tags. Un modo per ovviare questo problema è quello di creare anche una versione HTML del sito, e linkare dalla home page in modo statico sia la versione Flash sia la versione HTML. Ma in questo caso non parliamo più di ottimizzazione del sito Flash. Poi usare anche dei livelli nascosti, inserendo dei layer invisibili al browser, ma visibili ai motori di ricerca. Ma è una tecnica da usare con cautela e moderazione, i motori non amano il contenuto invisibile.

Il secondo problema è quando Flash è usato nella barra di navigazione, perché i link fatti con Flash non sono visibili dai spider dei motori. In modo normale, dopo che hai registrato un URL in un motore, ad esempio l'indirizzo della tua home page, potrai aspettarti che lo spider dopo l'indicizzazione della pagina registrata segua anche i link, ed aggiunga quindi anche altre pagine del tuo sito al suo database. Sfortunatamente, a meno che il sito non abbia anche dei link HTML standard, il resto del sito verrà ignorato.
La cosa è comunque facile da correggere. Sarà sufficiente aggiungere anche un menu di navigazione html, o un link alla mappa del sito, che dovrà essere in html. E poi, aggiungi un link html statico alla mappa in tutte le pagine del tuo sito.